中-挪环境综合研究中心（SINCIERE） 
中-澳土壤环境科学联合实验室
生态环境研究中心-安捷伦亚太地区北京环境分析实验室
生态中心-嘉兴市生态环境研究基地
生态环境研究中心-横滨国立大学联合共建“亚洲国际生态环境安全管理中国联合研究中心
与天津城市建设学院共建水质科学与技术联合实验室
中-澳联合环境科学与技术研究中心
生态环境研究中心-嘉兴市政府生态环境科技创新基地
与上海市北自来水公司等共建城市水资源开发利用（南方）国家工程研究中心
与深圳水务（集团）共建住房和城乡建设部安全饮用水工程研究中心
中国科学院北京分院-北京市科学技术研究院中国轻工业清洁生产联合中心
住房和城乡建设部农村污水处理技术北方研究中心
生态环境研究中心——香港浸会大学环境科学联合研究所
中加资源环境高技术中心