志存高远 励精图治开拓进取 务实创新
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文献信息与学术传播中心
文献信息与学术传播中心提供文献、科技情报服务并负责科技期刊编辑出版工作，下设图书馆和8个编辑部，主办11种科技期刊，涵盖生态学、毒理学、环境科学、环境工程等学科领域，涉及基础研究、技术应用和管理政策等多个方面。
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大型分析仪器实验室
大型分析仪器实验室是中国科学院生态环境研究中心支撑体系的主要组成部分。实验室配有SEM、TEM、XPS、XRD、XRF、GC-MS、HPLC-MS、ICP-MS、ICP-OES、BET、TOC等大型仪器设备，可提供表面成分分析、形貌分析、物相分析、有机物分析、无机分析、比表面积分析以及样品前处理等测试服务，其中无机元素分析项目具有CNAS和CMA认证认可资质。
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二恶英实验室
二恶英实验室是2002年组建的专门从事二恶英类、多氯联苯、多溴二苯醚等POPs和金属元素分析与环境化学行为及产生机制研究的实验室。实验室建立了完善的质量管理体系，是实验室认可（注册号：CNAS L2960）和资质认定（编号：210012162793）实验室。可以依据EPA 1613B、HJ 77.1-2008、EPA 200.7等23项方法对环境、食品中的POPs和金属元素进行检测。
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北京城市生态系统研究站
北京城市生态系统研究站是中国生态系统研究网络（CERN）建设的第一个城市生态站，融监测、研究和示范为一体，开展城市生态系统水体、土壤、空气和生物长期观测，城市生态系统格局和过程研究，以及科学传播工作。2021年获批成为“北京京津冀区域生态环境变化与综合治理国家野外科学观测研究站”。
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综合分析测试中心
为了满足国家生态环境方面的重大需求，加强研究所自主创新能力，2010年建立了所级公共技术中心。为进一步增强大型科学仪器开放共享水平，提高技术支撑人员能力，完善运行管理体制机制，提升支撑科研创新效能，2022年9月成立综合分析测试中心，负责统筹中心设备规划、建设、运行管理、绩效评价等工作。